1775 — по поручению Карла III Испанского архитектор Хуаном де Виллануэва начинает составлять эскизный план для Музея естеоственной истории.
1809 — Жозефом Бонапартом издаётся королевский указ об учреждении Музея живописи.
1810 — Ж.Бонапарт своим указом учреждает галерею живописи во дворце Буэнависта Палас (первоначально владельцем галереи была герцогиня Альба, позже — премьер-министр при дворе короля Карла IV господин Годой).
1811 — дворец Прадо практически завершён, но умирает Хуан де Виллануэва, и в разгаре военный конфликт 1808-13 гг. между Испанией и Францией. Французские войска, оккупировавшие Мадрид, использовали здание под конюшни, металлическая крыша была разобрана и пущена на хознужды армии (впоследствии крыша была заменена на черепичную).
1814 — Фердинанд VII по инициативе королевы Марии Изабеллы де Браганза и Исидоро Монтенегро принимает решение открыть в пустующем Прадо картинную галерею.
1818 — основан Королевский музей.
1819 — Фердинанд VII официально проводит церемонию открытия Королевского музея. До 1829 г. в Музей поступает существенная часть королевской коллекции.
1829 — в фонд Музея от герцога Сан Фердинандо передана первая картина — это «Распятие Христа» Д.Веласкеса.
1835 — опубликован известный указ Мендизабала об отмене ограничительных условий по наследованию церковного имущества и большое количество полотен из различных монастырей и церквей передано в монастырь Ла Тринидад. Позже эта галерея искусств превратится в Музей де ла Тринидад.
1838 — из-за боевых действий (война с Карлом) в Прадо поступило большое количество картин из дворцов в окрестностях Мадрида, в том числе из Эскориала.
1843 — составлен каталог коллекции Прадо, в него вошло 1949 работ.
1869 — после свержения королевы Изабеллы II музей национализирован.
1879—1882 — гобеленовые этюды Ф.Гойи из королевского дворца в Мадриде, а также полное собрание произведений из Музея де ла Тринидад переданы в Прадо.
1881 — музей получает в дар от барона д’Эрлангера «Чёрные картины» Ф.Гойи.
1883—1889 — здание достраивается, добавляются новые залы. Проектированием занимался архитектор Хареньо.
1889 — музей принимает в дар более 200 картин от герцогини Пастраны.
1898 — открыт «Музей современных искусств», куда из Прадо передано большинство работ, относящихся к XIX веку.
1912 — учреждён Совет попечителей музея.
1914—1930 — идёт достройка здания, появляются новые залы. Так, в 1927 г. архитектором Арбо была разработана идея расширения задней части здания. Затеем архитектором Педро де Мугуруса была перестроена центральная галерея, а также пристроена новая лестница в северной части здания. За эту перестройку архитектор подвергся резкой критике, так как была разрушена лестница, созданная в XIX веке архитектором Хареньо.
1915 — умирает Пабло Босх, по завещанию которого Прадо получает ряд полотен.
1930 — весьма существенная коллекция картин передана в музей по завещанию Дона Педро Фернандеса Дюрана.
1936—1939 — директором музея назначен Пабло Пикассо. Во время гражданской войны в Испании основные полотна при участии Международного Совета (специально учреждённого для защиты произведений искусства в Испании) отправлены в Швейцарию (вывезены через Валенсию).
1939 — в «Музее искусств и истории» Женевы состоялась выставка картин из Музея Прадо, после которой полотна возвращены в Испанию.
1940 — в музей поступает в качестве дара высококачественная коллекция Дона Франциска Камбо.
1956—1978 гг. — расширение музея архитекторами Чуэка и Лоренте. Присоединение к музею здания Касон де Буэн Ретиро для размещение коллекции живописи XIX и XX веков.
В настоящее время идёт реконструкция основного здания музея (расширение помещений для экспозиции) по проекту архитектора Рафаэля Монео.